José Paulo Kupfer nasceu no dia 28 de julho de 1948, na cidade do Rio de Janeiro (RJ). É graduado em Economia pela Universidade de São Paulo (USP), em 1977. Foi bolsista do United State Information Service (Usis), instituição do governo americano, num programa de estudos em Economia Internacional, nos Estados Unidos, em 1986.
No Jornalismo, sua carreira teve início em 1967, quando começou como repórter na Fatos & Fotos (RJ), cobrindo Esporte e Geral. Integrou a equipe da revista que foi laureada com Menção Honrosa do Prêmio Esso de Jornalismo de 1968 pela matéria As seis horas de protesto. Foi, em seguida, para a redação de O Globo, exercendo a mesma função. Como redator de Esporte, trabalhou no Correio da Manhã (RJ) e também, novamente, em O Globo.
Em 1972, transferiu-se para São Paulo (SP), onde atuou na sucursal do jornal O Globo. Foi depois para a Editora Abril, onde tornou-se pioneiro na Imprensa de Negócios integrando a equipe do jornalista Paulo Henrique Amorim, que reposicionou a revista Exame (SP). Atuava como editor-assistente, mas já havia exercido a função de editor-executivo. Ganhou o Prêmio Abamec de Jornalismo 1975. Tornou-se hors concours do Prêmio Abril de Jornalismo.
De volta ao Rio de Janeiro, trabalhou como subeditor de Economia do Jornal do Brasil (RJ), em 1977. No mesmo ano, de volta à capital paulista, foi editor-assistente de Economia da revista Veja (SP) e, em 1979, foi promovido a subeditor da mesma área. Na revista IstoÉ (SP), atuou como editor de Economia, entre 1980 e 1983. Voltou à revista Exame em 1983, onde assumiu o cargo de editor-executivo e depois, de redator-chefe.
Em 1988, foi contratado pelo jornal O Estado de S.Paulo (SP), onde atuou como secretário de redação e editor-executivo, sendo responsável pela concepção, projeto, viabilização editorial, configuração e implantação do caderno de Economia do jornal, lançado em maio de 1989. Em 1991, foi gerente geral do projeto Lunes, que resultou na circulação de O Estado de S.Paulo às segundas-feiras. Também foi responsável pela introdução de cores nas páginas do periódico e pela concepção, projeto, viabilização editorial, configuração e implantação do caderno de Informática e o de Economia do Estadão.
Teve passagens pelo jornal DCI – Diário do Comércio e Indústria (SP), Zero Hora (RS), TV Manchete (RJ), rádio CBN (SP), TV Bandeirantes (SP), Jornal do Commercio (PE) e Tribuna do Norte (RN), sempre abordando questões relacionadas à Economia.
No final de 1999, foi para a Gazeta Mercantil (SP), onde exerceu a função de redator e editor até 2003. No mesmo ano, atuou ainda como colunista e diretor de redação da revista Forbes Brasil (SP) e começou a utilizar a internet, com uma coluna e um blog no site econômico NoMínimo. Entre 2003 e 2005, foi diretor editorial da revista Foco Economia e Negócios. Foi apontado como um dos dez melhores jornalistas de Economia indicados nas pesquisas de 2003 e 2004 do site Comunique-se.
Ainda em 2005, foi convidado pelo diretor de jornalismo Pola Galé, da TV Cultura, a assumir a chefia de redação de Jornalismo da emissora. Em 2006, transferiu-se para a TV Gazeta, onde assumiu a chefia de redação, lá permanecendo até 2010. Prosseguiu, ainda, com seus comentários de Economia no Jornal da Gazeta até 2011.
No site Último Segundo, do portal IG, manteve o Blog do José Paulo Kupfer, entre 2007 e 2009, onde escreveu sobre Economia e Negócios. Transferiu-se para o Grupo Estado em 2009, onde é colunista do jornal O Estado de S.Paulo (retransmitido pelo Bradcast) comentarista da TV Estadão e articulista do Estadão Noite (edição para mobiles), além de fazer análises de Economia de duas a três vezes por semana no próprio jornal. Mantém, ainda, o blog Economia e outras histórias no portal Estadão.
Fez parte do júri do Prêmio CNI de Jornalismo 2012. Em maio de 2014 passou a assinar artigo semanal também no jornal O Globo, sem prejuízo de suas atuais atribuições no Grupo Estado. Despediu-se dos leitores do jornal impresso O Estado de S.Paulo em fevereiro de 2017, quando a empresa decidiu manter a coluna apenas no portal do Estadão. Assim, em termos de jornais impressos, a coluna passou a ser uma exclusividade de O Globo.